マイコンとかがんばる。

スケッチでVFDの点灯順は、以下の配列で制御されています。

// VFD点灯順行列
// 以下の行列の順にVFDは点灯する。
// 特定の桁が暗かったり明るかったりする場合は、この行列で点灯頻度を変える事で調整可能
// 明るいVFDの番号を少なく、暗いVFDの番号を多くする。
// VFD番号の順序はあまり気にしなくても大丈夫
unsigned char keta[] = {
1,2,3,4,5,6,
1,2,3,4,5,6,
1,2,3,4,5,6,
1,2,3,4,5,6
};
#define DISP_KETAMAX sizeof(keta)

スケッチは、keta[]に定義されている順番にVFDを点灯します。デフォルトだと1〜6を順番に点灯を繰り返します。
この状態だと、6本のVFDの点灯時間は全て同じです。
仮にVFD5が少し明るく、VFD2が少し暗い場合の調整方法を考えます。
VFD5の点灯回数を減らし、VFD2の点灯回数を増やしてやることで、明るさのバランスを調整すればよさそうです。

unsigned char keta[] = {
1,2,3,4, 6,2,
1,2,3,4,5,6,
1,2,3,4,5,6,2,
1,2,3,4,5,6
};

VFD5の点灯を4周のうち3回とすることで明るさを減らします。
VFD2の点灯を4周につき6回とすることで、明るさを増します。
keta[]の配列を以上のように変更することで、VFDの見かけの明るさをある程度の範囲で調整することができることを確認できます。

注意点として、同じVFDを連続して点灯させるのではなく、点灯タイミングを適当にバラして設定したほうがよいです。
これは点灯タイミングを平均化してちらつきを抑えるためと、連続点灯でVFDの温度が過度に上昇しないようにするためです。
まあ実際のところはちらつきは1mSecごとの制御ならほとんど関係ないし、温度上昇もVFDへの電圧（DC-DCコンバータの出力電圧）を上げすぎなければあまり気にすることは無いと思いますが、念のため。

参考

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VFD Shield